Liksom de flesta biomer på jorden överlever savanna-ekosystemet på en känslig balans mellan miljöfaktorer och olika arter, inklusive människor. Kraftig torka kan beröva dessa gräsmarker av sitt livsgivande vatten och bladverk, medan krypskytare och ursprungsbefolkningar ofta hotar att störa matbanan genom att döda djur för sport eller överlevnad.
Mänskliga aktiviteter

Mänskliga aktiviteter kan allvarligt hota att störa savannens ekosystem. Ohållbar vattenanvändning och bevattningsmetoder kan potentiellt torka upp livgivande floder och vattenhål. I regioner där ursprungsbefolkningen regelbundet inkluderar bushmeat - vildkött - i sin kost har odlingspopulationer minskat med märkbara priser. Vissa savanna djurliv jagas också som troféer; svartnoshörningar, i synnerhet, jagas efter sina värdefulla horn. Till och med vissa växtsorter skördas på grund av deras kommersiella värde. Ristningar gjorda av afrikansk Blackwood, ett savanneträd, säljs ofta på turismens marknader.
Torka och tunga betande.

Långvarig, svår torka har en farlig effekt på ett savannas ekosystem, med betmönster som förvärrar denna effekt . Kombinationen av svår torka och bete kan förändra en gräsmark med främst ätliga, fleråriga gräs till en savanna som domineras av oätliga gräs och växter. Lätt betade gräsmark upprätthåller sin kvalitet på smakliga, fleråriga gräsarter, men sammansättningen av växtarter kan fortfarande ändras. Experter har begärt lösningar för bethantering under torkaepisoder för att påverka riktningen för potentiell förändring mot hållbarhet på gräsmarker.
Desertification

Tropiska savannor gränsar ofta till torra, ökenregioner och spridningen av ökenliknande förhållanden till torra gräsmarkområden kallas ökenspridning. Detta hot mot ett savannas ekosystem inkluderar effekter orsakade av klimatförändringar, jordbruksmetoder, betesmark, aggressiv jordbruksbevattning, vilket sänker nivån på vattentabellen bort från planteringar, avskogning och erosion. Varje år blir över 46 000 kvadratkilometer afrikansk savanna öken. Planteringen av torka-resistenta växter kan stabilisera skiftande sanddyner och börja spridningen av ytterligare vegetation.
Carbon Emission

En undersökning från 2012 tillskrev stora ökningar av woody plantmassa till "CO2-befruktningseffekten." författarna hävdade att ökningen i hastigheten för träväxttillväxt orsakades av ökande atmosfärisk koldioxid. En dramatisk ökning av mängden träd och buskar kan hota hela savannens ekosystem, eftersom dessa växter använder mer vatten än gräs. Naturvårdare i Namibia har rapporterat att woody planter har hindrat både antilop och cheetahs som jagar dem - en utveckling som kan ha okända följder över gräsmarkerna.