Oavsett om det är i färskt eller marint vatten kräver fisk osäker mat, lämplig livsmiljö och tillräckligt med syre för att överleva. Alla element, vare sig de är kemiska eller naturliga, som stör denna balans anses vara vattenföroreningar eller helt enkelt ett förorenande ämne. Vattenföroreningar är omfattande och beror på den världsregion som fisken lever i, men det finns några som är gemensamma för många delar av världen.

TL; DR (för länge; läste inte )

Föroreningar kan direkt döda eller skada fisk, eller förändra sminkningen av fiskens omgivning, döda matkällor eller orsaka växt- eller algetillväxt som svälter fisken med syre.
Gödningsmedel Näringsämnen Utarmad syre

Kväve och fosfor är näringsämnen som blir vattenföroreningar när de kommer in i floder, sjöar och hav genom avlopp, som regn som tvättar överskott av gödselmedel från en gräsmatta i en sjö eller en direkt utsläpp när en reningsverk pumpar bearbetas avloppsvatten i en flod. När dessa överskott av näringsämnen byggs upp i en vattenmassa växer växter och alger i snabbare hastigheter vilket orsakar växtväxt och skadliga algblomningar. När växter dör sänker sönderfallsprocessen den upplösta syrehalten i vattnet till en nivå för låg för att fisken ska överleva, vilket resulterar i att fisk dödas. När en fisk livnär sig av skadliga alger tar den in toxiner som samlas i kroppen och överförs till andra fiskar som äter dem.
Pesticider Kill; Tunga metaller Försämring

Syntetiska bekämpningsmedel, såsom ogräs och buggar, är giftiga för fisk i låga koncentrationer vilket resulterar i fiskdödlighet och en minskning av fiskpopulationer. Vissa fiskar är mer känsliga än andra och dör i lägre koncentrationer. Bekämpningsmedel kommer in i färska och marina vatten när de appliceras på en gräsmatta eller jordbruksfält, och överskott tvättas i vattnet när det regnar, eller om sprayen drifter när den appliceras. Förbränning av fossila bränslen matar ut tungmetaller i atmosfären som avsätts i vattendrag. Tungmetaller i vattnet stuntar tillväxt och försämrar fiskens luktkänsla, vilket hindrar dess förmåga att hitta mat eller undvika rovdjur.
Matkälla Förstörelse

Fiskfoder på ryggradslösa djur som lever i vattnet. Ta bort denna matkälla och de dör antingen av svält eller flyttar till en ny livsmiljö. Dessa ryggradslösa djur inkluderar vattenburna insekter; bekämpningsmedel är giftiga för dem i låga koncentrationer. Men om bekämpningsmedlet inte dödar insektet, överförs det när en fisk äter det. Med tiden byggs bekämpningsmedel upp i fisken tills den når en dödlig nivå. Sediment är ett annat förorenande ämne som dödar ryggradslösa djur. Ett tjockt skikt av slam kan kväva ryggradslösa djur. Tungt sediment kan också kväva fiskägg och minska deras populationer.
Spolningseffekt

Receptbelagda läkemedel har förlängt människors livslängd; emellertid varje gång ett läkemedel intas utsöndras en bråkdel av det genom urin och avföring och spolas ner på toaletten. De flesta avloppsreningsverk är inte kapabla att ta bort läkemedel under behandlingsprocessen, så läkemedel passerar genom systemet i floder och vikar eller överallt där behandlat avloppsvatten släpps ut. En University of Colorado Boulder-studie visar att fisk som finns i vattendrag med spår av hormonstörande syntetiska kemikalier uppvisar könsböjning; ett fenomen där hanfisk ser ut och fungerar som kvinnor och vissa har både manliga och kvinnliga organ. Studien visar också att vatten med spår av antidepressiva medel påverkar fiskens beteende.