Energi och näringsämnen, eller kemikalier, flödar genom ett ekosystem. Medan energi flyter genom ekosystemet och inte kan återvinnas, cyklar näringsämnen inom ett ekosystem och återanvänds. Både energiflöde och kemisk cykling hjälper till att definiera ekosystemets struktur och dynamik.
Primära producenter |

Primära producenter som växter eller plantplankton använder solenergi för att syntetisera socker genom fotosyntes och är källorna till all energi i ekosystem. Primära producenter behöver också näringsämnen eller kemikalier som kväve, fosfor och järn för att växa. Näringsämnen och socker är tillgängliga för primära konsumenter, växtätare som äter primärproducenterna och sekundära konsumenter, rovdjur som äter de primära konsumenterna.
Cykling

Energin som flödar genom ekosystemet kan inte återvinnas. Konsumenterna använder socker, fett och proteiner som de tar från andra organismer som en energikälla för att växa och upprätthålla sina celler. De förlorar en del av denna energi som värme. Näringsämnen återvinns genom sönderdelning. När primära producenter eller konsumenter dör, får svampar och andra sönderdelare energi genom att bryta ner sina rester och i processen returnerar de viktiga näringsämnen som kväve till jorden så att primära producenter kan använda dem.
Överväganden

Energi och näringsämne tillgänglighet kan begränsa ett ekosystem produktivitet. I det öppna havet, till exempel, är ljus rikligt på ytan men knappt längre ner. Dessutom är näringsämnen som kväve och järn också knappa, så produktiviteten är begränsad. I regioner i havet där uppbyggnad leder näringsämnen till ytan - som till exempel utanför Chile utanför El Nino - ökar produktiviteten.