Hawking var stipendiat i över 50 år vid Cambridge Universitys Gonville and Caius College.
Gonville och Caius flagga vajade på halv stång över 1300-talets college, där Hawking hade varit stipendiat sedan 1965.
Högskolan vid det prestigefyllda engelska universitetet öppnade en kondoleansbok i sitt kapell och meddelade hans död med en monokrom bild av honom uppsatt på en anslagstavla på gatan.
Hu Xiaohua, en lärare i Kina och en gästforskare vid engelska fakulteten i Cambridge, bröt ihop i tårar när hon tittade på bilden.
"Jag läste hans böcker och blev inspirerad. Han sa "ge aldrig upp" - och han gav aldrig upp, " sa 49-åringen, dutta hennes ögon med en näsduk.
Hu sa Hawking, som var rullstolsbunden i fem decennier av motorneuronsjukdom, var en av anledningarna till att hon kom till Cambridge och hade inspirerat hennes intresse för kvantfysik.
"Han var den största vetenskapsmannen på 2000-talet... Jag bad för honom varje dag. Jag önskade att han kunde stå upp, " sa hon till AFP.
Hawking, som dog 76 år gammal, hade en studie på högskolan som han delade med andra stipendiater. Hans namn är målat i svart och vitt på stenvalvets entré och ovanför rummets trädörr.
'Den största mannen'
"Han var en fantastisk person, " sa Edo Dzafic, 26, en doktorand i molekylärbiologi från Slovenien som kom för att skriva på kondoleansboken.
Kollegiet öppnade en kondoleansbok i kapellet och placerade en svart-vit bild av honom på en anslagstavla.
Dzafic sa att han "fick folk att tänka utanför boxen om vad som finns där ute. Det är vad vi alla undrar över".
Justin Hayward, som var Hawkings doktorand från 1991 till 1995, sa att den banbrytande teoretiska fysikern hade kommit till sitt bröllop 2006.
"Han var en rolig person att arbeta med och hade ett fantastiskt sinne för humor. För sina elever vid svarta tavlan, ibland lite läskigt, " sa Hayward.
Andra tidigare elever, grannar och människor inspirerade att ta upp vetenskapen hyllade kosmologijätten i kondoleansboken.
"Den största mannen leder oss människor genom hela universum, " sa en kommentar, andra kallar honom "en inspirerande demonstration av mänsklig beslutsamhet", som "bevisade att oavsett vad, du kan".
"Tack för all kunskap och hopp som du gav mänskligheten, " sa en, en annan läsning:"Du är den som har inspirerat mig att söka till Cambridge."
Den tidigare eleven Alex Lyons skrev:"Dina övervakningar kan vara så kryptiska att jag kunde tillbringa veckor efteråt med att fundera över vad du menade."
Andra sörjande uttryckte också sitt hopp om ett liv efter detta för Hawking, som inte själv trodde på det.
Kerem Bayraktaroglu delade med sig av ett personligt minne av att spela fiol framför Hawking och skrev:"Jag hoppas att du nu kommer att känna till universums sanna hemligheter".
Diana Hayward skrev:"Må du vila i frid och stiga i ära. Jag hoppas att du hittar svaren på många av dina frågor".
Hawking dog i onsdags, 76 år gammal.
Andra skrev:"Din kropp kan äntligen vila, men ditt sinne kommer att leva för evigt", och "Jag hoppas att dina största underverk ligger framför dig".
Tvingas "tänka mer"
Professor Alan Fersht, mästaren över Gonville och Caius, sa att hans "helt unika" vän hade drivit generationer att ta upp vetenskap, och inspirerade andra funktionshindrade.
"Hans minne för hans vetenskapliga arbete kommer att fortsätta för evigt, " berättade Fersht för AFP. "Hans plats inom fysik och kosmologi är helt säkerställd."
Han sa att han först träffade Hawking 1965, i en matsal "lite som Hogwarts Academy".
"Jag minns den här unge mannen som kom in på en käpp, kämpade sig genom rummet för att sitta ner och vi visste att han var någon speciell, " sa Fersht.
"Han har varit tvungen att arbeta på ett speciellt sätt. Han kan inte sitta där nere med penna och papper eller med ett tangentbord för att få ut saker. Han måste tänka mer."
Trots alla Hawkings vetenskapliga prestationer, Fersht sa att han personligen skulle komma ihåg honom som en festälskare, dansar i sin rullstol, och i snygg klädsel som kung Neptunus.
"Jag tänkte:'Det här är Stephen. Den här personen kommer att ta del av allt, låt inte hans funktionshinder hålla tillbaka honom på något sätt."
© 2018 AFP