Oavsett om du är en nykomling i biologi eller en långvarig avicionado, är chansen utmärkta att du som standard ser deoxyribonukleinsyra (DNA) som kanske det enskilt mest oumbärliga konceptet i alla livsvetenskap. Som ett minimum är du förmodligen medveten om att DNA är det som gör dig unik bland miljarder människor på planeten, vilket ger det en roll i den straffrättsliga världen såväl som i centrum i molekylärbiologiska föreläsningar. Du har nästan säkert lärt dig att DNA är ansvarigt för att förse dig med alla egenskaper du ärvt från dina föräldrar, och att ditt eget DNA är din direkta arv till kommande generationer om du får barn.

Vad du kanske inte vet mycket handlar om vägen som kopplar DNA i dina celler till de fysiska egenskaper du visar, både öppet och doldt, och serien av steg längs den vägen. Molekylära biologer har framställt begreppet "central dogma" inom sitt område, som kan sammanfattas helt enkelt som "DNA till RNA till protein." Den första delen av denna process - generering av RNA, eller ribonukleinsyra, från DNA - är känd som transkription, och denna väl studerade och samordnade serie biokemiska gymnastik är lika elegant som den är vetenskapligt djupgående.
Översikt över nukleinsyror

DNA och RNA är nukleinsyror. Båda är grundläggande för hela livet; dessa makromolekyler är mycket nära besläktade, men deras funktioner, även om de är exklusivt sammanflätade, är mycket divergerande och specialiserade.

DNA är en polymer, vilket innebär att den består av ett stort antal upprepande underenheter. Dessa underenheter är inte exakt identiska, men de är identiska i form. Tänk på en lång sträng av pärlor som består av kuber som finns i fyra färger och varierar någonsin så lite i storlek, och du får en grundläggande känsla av hur DNA och RNA är arrangerade.

Monomererna (underenheter) av nukleinsyror är kända som nukleotider. Nukleotider själva består av triader av tre distinkta molekyler: en fosfatgrupp (eller grupper), en femkolsocker och en kvävrik bas ("bas" inte i betydelsen "grund", men betyder "väte-jonacceptor" ). Nukleotiderna som utgör nukleinsyror har en fosfatgrupp, men vissa har två eller till och med tre fosfater fästa i rad. Molekylerna adenosindifosfat (ADP) och adenosintrifosfat (ATP) är nukleotider av extraordinär betydelse i cellulär energimetabolism.

DNA och RNA skiljer sig på flera viktiga sätt. En, medan var och en av dessa molekyler innehåller fyra olika kvävebaser, inkluderar DNA adenin (A), cytosin (C), guanin (G) och tymin (T), medan RNA inkluderar de första tre av dessa, men ersätter uracil (U) för T. Two är sockret i DNA deoxiribos, medan det i RNA är ribos. Och tre är DNA dubbelsträngat i sin mest energiskt stabila form, medan RNA är enkelsträngat. Dessa skillnader är av stor betydelse både för transkription specifikt och funktionen hos dessa respektive nukleinsyror i allmänhet.

Baserna A och G kallas puriner, medan C, T och U klassificeras som pyrimidiner. Kritiskt binder A kemiskt till, och endast till, T (om DNA) eller U (om RNA); C binder till och endast till G. De två strängarna i en DNA-molekyl är komplementära, vilket innebär att baserna i varje tråd matchar vid varje punkt till den unika "partner" -basen i motsatt tråd. Således är AACTGCGTATG kompletterande med TTGACGCATAC (eller UUGACGCAUAC).
DNA-transkription kontra översättning

Innan man studerar mekaniken för DNA-transkription är det värt att ta ett ögonblick för att granska terminologin associerad med DNA och RNA, eftersom med så många liknande klingande ord i mixen kan det vara lätt att förvirra dem.

Replikering är handlingen att göra en identisk kopia av något. När du gör en kopia av ett skriftligt dokument (gamla skolan) eller använder kopiera och klistra in funktionen på en dator (ny skola), kopierar du innehållet i båda fallen.

DNA genomgår replikering, men RNA, i den mån modern vetenskap kan fastställa, gör det inte; den härrör endast från transkription _._ Från en latinsk rot som betyder "en skrivning över", transkription är kodning av ett visst meddelande i en kopia av en originalkälla. Du kanske har hört talas om medicinska transkriptionskonstnärer, vars uppgift är att skriva in de medicinska anmärkningarna som skrivits i en skriftlig form. Helst kommer orden, och därmed budskapet, att vara exakt desamma trots förändring i medium. I celler involverar transkription kopiering av ett genetiskt DNA-meddelande, skriven på språket för kvävebasiska sekvenser, till RNA-form - speciellt, messenger RNA (mRNA). Denna RNA-syntes förekommer i kärnan i eukaryota celler, varefter mRNA lämnar kärnan och leder till en struktur som kallas en ribosom för att genomgå översättning.

Medan transkription är den enkla fysiska kodningen av ett meddelande i ett annat medium , översättning, i biologiska termer, är omvandlingen av det meddelandet till målmedveten handling. En längd DNA eller ett enda DNA-meddelande, kallad en gen, resulterar i slutändan i celler som tillverkar en unik proteinprodukt. DNA skickar meddelandet i form av mRNA, som sedan bär meddelandet till en ribosom för att det ska översättas till att göra ett protein. I denna vy är mRNA som en ritning eller en uppsättning instruktioner för montering av ett möbel.

Det förhoppningsvis rensar upp alla mysterier du har om vad nukleinsyror gör. Men hur är det med transkription i synnerhet?
Stegen för transkription -

DNA, ganska berömt, är vävt i en dubbelsträngad spiral. Men i denna form skulle det fysiskt vara svårt att bygga något från det. Därför lindas DNA-molekylen i initieringsfasen (eller steget) av transkription av enzymer som kallas helikaser. Endast en av de två resulterande DNA-strängarna används för RNA-syntes samtidigt. Denna sträng kallas den icke-kodande strängen, eftersom, tack vare reglerna för DNA- och RNA-basparning, har den andra DNA-strängen samma sekvens av kvävebaser som mRNA som ska syntetiseras, vilket gör denna sträng till den kodande strängen. Baserat på punkter som gjorts tidigare kan du dra slutsatsen att en DNA-sträng och det mRNA som den ansvarar för tillverkning är komplementära.

Med strängen nu redo för handling indikerar en del av DNA som kallas promotorsekvensen var transkription är att börja längs strängen. Enzymet RNA-polymeras anländer till denna plats och blir en del av ett promotorkomplex. Allt detta är att säkerställa att mRNA-syntesen börjar exakt där den är tänkt på DNA-molekylen, och detta genererar en RNA-sträng som håller det önskade kodade meddelandet.

Nästa, i töjningsfasen, RNA-polymeras " läser "DNA-strängen, börjar vid promotorsekvensen och rör sig längs DNA-strängen, som en lärare som går upp en rad studenter och delar ut tester, lägger till nukleotider till den växande änden av den nybildande RNA-molekylen.

Bindningarna som skapas mellan fosfatgrupperna i en nukleotid och ribos- eller deoxiribosgruppen på nästa nukleotid kallas fosfodiesterbindningar. Observera att en DNA-molekyl har vad som kallas en 3 '("tre-prim") terminus i ena änden och en 5' ("fem-prim") terminus i den andra, med dessa siffror som kommer från de terminala kolatompositionerna i respektive terminal ribos "ringar". När RNA-molekylen själv växer i 3'-riktningen, rör sig den längs DNA-strängen i 5'-riktningen. Du bör undersöka ett diagram för att försäkra dig om att du fullt ut förstår mekaniken för mRNA-syntes.

Tillsatsen av nukleotider - specifikt nukleosidtrifosfater (ATP, CTP, GTP och UTP; ATP är adenosintrifosfat, CTP är cytidin trifosfat och så vidare) - till den långsträckta mRNA-strängen kräver energi. Detta, liksom så många biologiska processer, tillhandahålls av fosfatbindningarna i själva nukleosidtrifosfaterna. När den högenergiska fosfat-fosfatbindningen bryts, tillsätts den resulterande nukleotiden (AMP, CMP, GMP och UMP; i dessa nukleotider står "MP" för "monofosfat") till mRNA och ett par oorganiska fosfatmolekyler , vanligtvis skriven PP _{i, faller bort.}

När transkription inträffar, gör det det, som sagt, längs en enda DNA-sträng. Var dock medveten om att hela DNA-molekylen inte lossnar och separeras i komplementära strängar; detta händer bara i direkt närhet till transkriptionen. Som ett resultat kan du visualisera en "transkriptionsbubbla" som rör sig längs DNA-molekylen. Det här är som ett objekt som rör sig längs en blixtlås som lossas precis framför objektet med en mekanism medan en annan mekanism återförseglar blixtlåset i objektets köl.

Slutligen när mRNA har nått sin önskad längd och form, avslutningsfasen pågår. Liksom initiering aktiveras denna fas av specifika DNA-sekvenser som fungerar som stopptecken för RNA-polymeras.

Hos bakterier kan detta hända på två allmänna sätt. I en av dessa transkriberas termineringssekvensen, vilket alstrar en längd av mRNA som fälls tillbaka in i sig själv och därigenom "buntas upp" när RNA-polymeraset fortsätter att göra sitt jobb. Dessa vikta sektioner av mRNA benämns ofta hårnålsträngar, och de involverar komplementär basparning i den enkelsträngade men förvrängda mRNA-molekylen. Nedströms från denna hårnålssektion finns en lång sträcka av U-baser eller rester. Dessa händelser tvingar RNA-polymeraset att sluta tillsätta nukleotider och ta bort från DNA, vilket avslutar transkription. Detta kallas rho-oberoende avslutning eftersom det inte förlitar sig på ett protein som kallas en rho-faktor.

Vid rho-beroende avslutning är situationen enklare och inga hårnål mRNA-segment eller U-rester behövs . Istället binder rho-faktorn till den erforderliga platsen på mRNA och drar fysiskt mRNA från RNA-polymeras. Oavsett om rho-oberoende eller rho-beroende terminering beror på den exakta versionen av RNA-polymeras som verkar på DNA och mRNA (det finns en mängd olika subtyper) liksom proteinerna och andra faktorer i den omedelbara cellmiljön.

Båda händelsernas kaskader leder slutligen till att mRNA bryts ut från DNA vid transkriptionsbubblan.
Prokaryoter kontra eukaryoter.

Det finns många skillnader mellan transkription i prokaryoter (nästan alla som är bakterier) och eukaryoter (flercelliga organismer som djur, växter och svampar). Till exempel involverar initiering i prokaryoter vanligtvis ett DNA-basarrangemang känt som Pribnow-rutan, med bassekvensen TATAAT belägen ungefär 10 baspar bort från var transkriptionstartning i sig självt inträffar. Eukaryoter har emellertid förstärkarsekvenser placerade på ett betydande avstånd från initieringsstället, såväl som aktivatorproteiner som hjälper till att deformera DNA-molekylen på ett sätt som gör den mer tillgänglig för RNA-polymeras.

Dessutom förlängning förekommer ungefär dubbelt så snabbt i bakterier (omkring 42 till 54 baspar per minut, gränsar till en per sekund) som i eukaryoter (cirka 22 till 25 baspar per minut). Slutligen, medan bakteriella mekanismer för avslutning beskrivs ovan, i eukaryoter, involverar denna fas specifika avslutningsfaktorer, liksom en sträng av RNA som kallas en poly-A (som i många adeninbaser i rad) "svans". Det är ännu inte klart om upphörande av förlängning utlöser klyvning av mRNA från bubblan eller om klyvningen i sig plötsligt slutar förlängningsprocessen.