1. Övre atmosfär: Detta skikt består mestadels av väte och helium, och det är där den stora mörka fläcken och andra stormar finns.

2. Lägre atmosfär: Detta skikt är tjockare och tätare än den övre atmosfären, och det innehåller metan, ammoniak och vattenis.

3. mantel: Detta skikt består mestadels av vatten, metan och ammoniak, och det tros vara extremt varmt och tätt.

4. kärnan: Detta lager tros vara en solid, stenig kärna som är ungefär dubbelt så stor som jorden.

5. inre kärna: Detta lager är själva centrum för Neptunus, och det tros vara sammansatt av järn och nickel.

Även om det finns fem distinkta lager, är det viktigt att notera att gränserna mellan dem inte är skarpt definierade.