Neptune hade en Great Dark Spot , liknande Jupiters stora röda fläck, som var en massiv storm synlig i sin atmosfär. Till skillnad från Jupiters storm, som har kvarstått i århundraden, försvann emellertid Neptuns stora mörka plats 1994.

Senare dök en ny mörk plats på Neptune, men det försvann så småningom. Forskare tror att dessa mörka fläckar troligen är stora stormar i Neptuns atmosfär.