Major typer av bakterier klassificerades traditionellt av fysiska egenskaper eller reaktioner på olika typer av färgning. Tillkomsten av molekylär genetik har medfört en mer försiktig uppdelning av de olika grupperna av bakterier. Många forskare tror att den gamla klassificeringen av bakterier ska delas i två eller flera kungarier.

Konungariket

Den högsta klassificeringen av levande saker är kungariket. Bakterier klassificerades en gång i ett rike som kallas Protista, men många forskare hävdar att det gamla riket borde delas in i två kungarier baserat på molekylärgenetiska bevis. De nya kungarna skulle vara sanna bakterier, Eubacteria och antika bakterier, Archaebacteria, som idag överlever i extrema miljöer. Några föreslår en ny fylogenetisk uppdelning som kallas domäner eller superkarakterer, eftersom Archaebacteria är så distinkt, de kan delas in i tre egna kungariket: Crenarchaeota, de termofila bakterierna; Euryarchaeota, halofila och metanogena bakterier; och Korarchaeota, som finns i varma källor.

Phylums

För andra bakterier än Archaebacteria finns det fem distinkta phylums, nästa gren uppe i fylogenetiska trädet. Proteobakterierna är symbiotiska med växter och hjälper dem att fixa kväve från atmosfären. Cyanobakterierna är kända som blågröna bakterier. Eubakterier är traditionellt klassificerade Gram-positiva bakterier och har cellväggar som har olika lager än andra bakterier. Spirocheten växer i spiral kolonier. Chlamydiaen är intracellulära parasiter.

Traditionell klassificering

Bakterier kan beskrivas som patogena (sjukdomsframkallande) eller icke-patogena. De kan också beskrivas som gram-positiva eller gramnegativa. Detta hänvisar till huruvida de absorberar ett färgämne genom Gram-färgning eller ej. Gram-positiva bakterier saknar ett yttre cellmembran, och peptidoglykaner tillåter dem att färgas med kristallviolett. Gram-negativa bakterier har ett yttre cellmembran men saknar peptidoglykaner, vilket förhindrar att de färgas.