Det finns många skillnader mellan prokaryota och eukaryota celler. Några av dessa skillnader är strukturella medan andra är processuella. Två av de processer som är väsentligen olika mellan prokaryoter och eukaryoter är genuttryck och reglering av det. Båda typerna av celler transkriberar DNA i mRNA, som sedan översätts till polypeptider, men specifika för dessa processer skiljer sig.

Plats

Prokaryoter saknar kärnor och andra organeller som är specialiserade, membran- bundna utrymmen, medan eukaryoter har dem. Faktum är att ordet "eukaryot" betyder "sann kärna". I eukaryoter ligger cellens genom i kärnan. Transkription sker således i kärnan, och mRNA-transkriptet exporteras därefter genom kärnporer (porer i det kärnhölje) till cytoplasman för translation. I motsats härtill är prokaryotisk transkription och översättning inte spatially eller temporärt segregerad.

Initiering av transkription

Promoterelement är korta sekvenser av DNA som binder till en cells transkriptionsinitieringsfaktorer. Prokaryoter har tre promotorelement: en som är uppströms om genen transkriberas, en som är 10 nukleotider nedströms den och en som är 35 nukleotider nedströms. Eukaryoter har en mycket större uppsättning promotorelement, den primära är TATA-rutan. Eukaryotiska transkriptionsinitieringsfaktorer sammanställer ett initieringskomplex, som dissocierar vid slutet av initieringen. Prokaryotiska transkriptionsinitieringsfaktorer monterar inte ett initieringskomplex.

Ribosomer

Ribosomer är translationsställen som består av RNA och protein som binder till en cells mRNA och tRNA. Prokaryoter har 70S ribosomer medan eukaryoter har 80S ribosomer. "S" avser sedimenteringskoefficienten, ett mått på partikelns storlek, massa och form. En 80S-ribosom består av en 40S-subenhet och en 60S-subenhet medan en 70S-ribosom består av en 30S-subenhet och en 50S-subenhet.

Polykistronisk mRNA

Förutom att ha olika transkriptions- och translationsmaskiner , prokaryoter och eukaryoter skiljer sig åt i deras genreglering. Eukaryotisk reglering är mycket mer komplex och bygger ofta på olika feedbackmekanismer, utvecklingsprocesser och miljöfaktorer. Däremot reglerar prokaryoter hela metaboliska vägar istället för att reglera varje enzym separat. Bakteriella enzymer för en given väg ligger intill varandra på en cellens DNA och transkriberas till ett mRNA. Detta mRNA kallas polykistroniskt mRNA. När en cell behöver mer eller mindre en vägens enzymer, transcriberas det helt enkelt mer eller mindre av den vägens mRNA.