Det finns dock två viktiga problem med denna traditionella teori:
1- De fossila bevisen visar att komplext liv inte bildades på detta sätt. Organismer dyker plötsligt upp i fossilregistret - redan komplexa.
2- Darwinistisk konkurrens mellan arter kunde inte ha varit den enda drivkraften bakom komplexitetsutvecklingen, eftersom det var konkurrensen inom arter - såväl som samarbetet mellan deras celler - som underlättade komplexitetsutvecklingen.
En teori om komplexitetsutveckling övervinner dessa problem.
Idén om en "inifrån och ut" evolution av biologisk komplexitet, antyder att genom själva kan genomgå komplexitetsutveckling.
Det innebär konkurrens och samarbete mellan själviska genetiska element inom genomet snarare än mellan arter.
Till exempel transposoner är repetitiva DNA-sekvenser som kan röra sig inom ett genom. Transposoner kan ge positiva och skadliga effekter på genomet, vilket bidrar till evolutionen.
Dessutom är genom komplexa system som självorganiserar och skapar nya genetiska och epigenetiska förändringar. Dessa förändringar ger upphov till nya fenotyper, som kan genomgå naturligt urval på organismnivå. Denna inifrån-ut-mekanism erbjuder en mer omfattande förklaring till det evolutionära ursprunget till komplexa biologiska system.
