Vissa bakterier får energi genom att konsumera organiska molekyler. Dessa organismer är heterotrofer, som djur och svampar som äter andra organismer. Andra typer av bakterier tillverkar sin egen mat genom att konvertera ljusenergi, kemisk energi eller oorganiska ämnen till användbar energi som dessa encelliga organismer behöver för att leva. Dessa gör-det-själv-bakterier är autotrofer, som växter och alger.
Bakterier som äter oorganiska föreningar

Vissa autotrofiska bakterier, kallad kemotrofer, får sin näring från oorganiska föreningar. Koldioxid är vanligtvis den enda källan till cellulärt kol. Dessa autotrofer använder vätesulfid, ammoniak eller vätgas för att reducera kol till nödvändiga sockerarter. Nitrifierande bakterier, som oxiderar ammoniak för att skapa nitriter och nitrater, är ett exempel på bakterier som använder autotrofisk näring, eller mer specifikt, kemoautotrofisk näring.
Bakterier som konsumerar organiska föreningar. såsom sockerarter, fetter och aminosyror. Saprofytiska bakterier är ett exempel. De uppnår sin näring från döda organiska ämnen. Med användning av enzymer kommer dessa bakterier att bryta ner komplexa föreningar och använda näringsämnen för att frigöra energi. Saprofytiska bakterier är sönderdelare och spelar en viktig roll i ekosystemet genom att släppa enklare produkter som växter och djur kan använda.
Bakterier som använder ljus som mat -

Fototrofiska bakterier är autotrofer som absorberar ljusenergi och sedan använder detta i fotosyntes för att skapa cellulär energi. Det finns två typer av fototrofer. De som inte producerar syre som en biprodukt benämns anaeroba fototrofer, medan de som producerar syre benämns aeroba fototrofer. Cyanobakterier är ett exempel på bakterier som utför fotoautotrofisk näring. Både autotrofer och heterotrofer kan vara fototrofer. Heterotrofiska fototrofer konsumerar organiskt kol förutom att producera organiska molekyler via fotosyntes.
Bakterier som äter kemikalier -

Dessa bakterier erhåller kemisk energi från sin omgivning och omvandlar den till adenosintrifosfat (ATP) för cellulärt bruk. Dessa bakterier betraktas också som kemotrofer och erhåller energi från oxidationsreduktionsreaktioner av oorganiska föreningar såsom ammoniak, vätesulfid och järn. Till exempel är svavelbakterier kemoautotrofer som producerar energi genom att oxidera vätesulfid till svavel och vatten. Denna process är en form av kemosyntes.