Forskare har genomfört studier och jämförelser av hjärnstorleken hos Homo floresiensis med andra homininarter, inklusive moderna människor. Även om Homo floresiensis hade en mindre hjärnstorlek jämfört med moderna människor, var den inte oproportionerligt liten i förhållande till deras kroppsstorlek.
Vissa paleoantropologer uppskattar hjärnvolymen hos Homo floresiensis till mellan 380 och 430 kubikcentimeter, vilket är mindre jämfört med den genomsnittliga hjärnvolymen hos moderna människor, som varierar mellan 1200 och 1700 kubikcentimeter. Homo floresiensis hade dock en relativt liten kroppsstorlek, med individer som stod på en genomsnittlig höjd av cirka 1,1 meter (3,5 fot).
Med tanke på deras kroppsstorlek är förhållandet mellan hjärna och kroppsstorlek hos Homo floresiensis inte ovanligt litet jämfört med andra primater. Deras uppskattade encefaliseringskvot (EQ), som är ett mått på hjärnans storlek i förhållande till kroppsmassan, faller inom det intervall som observerats hos andra primater, inklusive moderna människor.
