Eukaryoter är alla typer av organismer som har komplexa celler som inkluderar mitokondrier, kärnor och andra celldelar. De tre huvudsakliga cellgrupperna är svampar, växter och djur. Många svampar är endast relaterade till växter på ett ytligt sätt. De kan se ut som växter och har cellväggar som liknar växtcellväggar, men det finns ett frenologiträd som visar hur svampar kan vara närmare besläktade med djur än växter. Eftersom djur är närmare i evolutionshistoria än svampar än växter, kan man säga att en svamp är närmare "släkt" till en människa än grönsaker på en salladbar.
Protein

Svampens proteinsekvenser. är mer lik djur än växter. Exempelvis ser cellulärt slamformprotein mer ut som animaliskt protein än växtprotein. Längden på ribosomerna i svampar visar en aminosyra som liknar muskler. Det finns faktiskt flera aminosyrasekvenser som liknar tunga kedjeproteiner hos däggdjur. En av dessa aminosyror är 81 procent identisk med en human aminosyra.
Klorofyll

Växtcellulosa är annorlunda än svampcellulosa. När röntgenstrålning är växtcellulosa mer kristallin än svampcellulosa. Både svampar och djur innehåller inte kloroblaster, vilket innebär att varken svampar eller djur kan behandla fotosyntes. Klorofyll gör växter gröna och ger växtnäring. Däremot absorberar svampar näringsämnen från sönderdelande växtmaterial genom en enzymatisk process, och djur äter sin mat.
Chitin

Svampar och djur innehåller båda en polysackaridmolekyl som kallas kitin som växter inte delar. Chitin är ett komplext kolhydrat som används som en strukturell komponent. Svampar använder kitin som strukturelement i cellväggarna. Hos djur ingår kitin i insekts exoskelet och i blötdjur av blötdjur. Chitin fungerar på samma sätt som växtcellulosa, men kitin är starkare. Studier gjorda på svamppolysackarider visade att tillsats av alkali som innehåller kväve förstörde svampar och producerade ättiksyra. Dessa kemiska reaktioner inträffade inte i växtpolysackarider. Svampar är inte alger.

Alger är de enklaste och mest primitiva växterna. 1955 drog Dr. George W. Martin slutsatsen att svampar härrörde från alger som hade tappat klorofyll. Martins hypotese ansåg emellertid inte att atmosfäriska förhållanden kan ha varit annorlunda när livet började än vad de var 1955. Martin tog inte heller hänsyn till att kvävefixerande bakterier kunde ha funnits redan innan växter utvecklades, vilket kunde ha använts som en matkälla för svamparna. 1966 dr. A.S. Sussman observerade att även om svampar såg ytligt ut som alger, fanns det aspekter av svampar, såsom cellkärnor och organisation, som inte kunde förklaras.
Steroler

Vissa biologer har nämnt att djur- och svampsteroler är olika därför kan svampar inte likna djur. Djur producerar kolesterol, medan svampar producerar ergosterol. Vid en närmare undersökning innehåller både svamp- och djursteroler lanosterol, medan fytosteroler i gröna växter innehåller cykloartenol.
sin egen kategori?

Kanske är svampar varken härrörande från växter eller encelliga djur. En del biologer har hävdat att svampar är fylogenetiskt åtskilda från alla andra eukaryoter. Svampar verkar vara unika i det faktum att de enbart kräver en översättningsförlängningsfaktor som kallas EF-3. Det finns några proteinaktiviteter som är viktiga för in vivo översättningsförlängning.