Enterobacter aerogenes är en gram-negativ bakterie med en rodformad morfologi . Detta innebär att den har en cellvägg som inte behåller den kristallvioletta fläcken som används i gramfärgning, och dess celler verkar som korta, cylindriska stavar under ett mikroskop.

Även om dess cellulära arrangemang inte är en avgörande egenskap, inträffar enterobacter aerogenes vanligtvis i par eller korta kedjor . Detta arrangemang är inte lika tätt klusterat som ett "coccus" -arrangemang (sfäriska bakterier i kluster) eller så utökat som ett "filamentöst" arrangemang (långa, kedjliknande strukturer).

Det är viktigt att notera att det specifika arrangemanget kan variera beroende på tillväxtförhållanden och stadiet i bakteriell livscykel.