1. Begränsade modifieringar efter translationella: Bakterier saknar de komplexa maskinerna som finns i eukaryota celler för post-translationella modifieringar (PTM). Dessa modifieringar, såsom fosforylering, glykosylering och acetylering, är avgörande för korrekt vikning, stabilitet och funktion hos många proteiner. Denna begränsning kan hindra produktionen av proteiner som kräver dessa modifieringar för aktivitet.
2. Potential för toxicitet: Vissa proteiner, särskilt de med cytotoxiska eller immunogena egenskaper, kan vara skadliga för bakterievärdcellerna när de uttrycks på höga nivåer. Detta kan leda till minskad proteinproduktion eller till och med celldöd, vilket gör det utmanande att få stora mängder av det önskade proteinet.
Dessa begränsningar är inte oöverstigliga, men de måste beaktas när de utformar och implementerar bakteriella genuttryckssystem.