1. Primärstruktur: Detta hänvisar till den linjära sekvensen av aminosyror i polypeptidkedjan. Det är som proteinets alfabet och bestämmer ordningen på dess byggstenar.

2. Sekundär struktur: Detta involverar den lokala vikningen av polypeptidkedjan i specifika former, främst alfa-helices och beta-ark på grund av vätebindning mellan ryggradsatomer. Det är som orden som bildas från alfabetet.

3. tertiär struktur: Detta beskriver den övergripande tredimensionella formen hos en enda polypeptidkedja, som är resultatet av interaktioner mellan R-grupper (sidokedjor) av aminosyrorna. Dessa interaktioner inkluderar hydrofoba interaktioner, vätebindningar, jonbindningar och disulfidbroar. Det är som den mening som är konstruerad av orden.

4. kvartärstruktur: Detta hänvisar till arrangemanget av flera polypeptidkedjor (underenheter) inom ett protein. Det är som stycket som består av flera meningar. Inte alla proteiner har en kvartärstruktur, eftersom vissa endast består av en enda polypeptidkedja.

Dessa organisationsnivåer är hierarkiska och bygger på varandra. Den primära strukturen dikterar de sekundära, tertiära och kvartära strukturerna. Den specifika konformationen av ett protein bestämmer dess funktion.