* celltyp: Olika celltyper har olika funktioner och kräver därför olika proteiner. Till exempel kommer en muskelcell att ha många proteiner involverade i sammandragning, medan en nervcell kommer att ha många proteiner involverade i signalering.
* organisme: Olika organismer har olika nivåer av komplexitet, och deras celler kommer att innehålla olika antal proteiner.
* Miljöfaktorer: Miljön som en cell lever i kan också påverka antalet och typen av proteiner som den producerar.
Men en typisk mänsklig cell kan innehålla allt från 10 000 till 20 000 olika typer av proteiner. Detta är ett häpnadsväckande nummer med tanke på att det mänskliga genomet endast innehåller cirka 20 000 gener. Detta beror på processer som alternativ skarvning, vilket gör att en enda gen kan kod för flera proteiner.
Det är viktigt att notera att det bara är uppskattningar, och det faktiska antalet proteintyper i en cell kan variera mycket. Dessutom kan antalet proteinmolekyler av varje typ också variera mycket, och denna variation är viktig för cellens funktion.
