Zikavirus är en myggburen infektionssjukdom kopplad till vissa fosterskador hos spädbarn i Syd- och Centralamerika och USA. En forskare från Lawrence Berkeley National Laboratory (Berkeley Lab), Banumathi Sankaran, arbetade som en del av ett multiinstitutionellt team för att kartlägga ett nyckelvirusprotein som heter NS5. Nödvändigt för virusreproduktion, NS5 innehåller två enzymaktiviteter:en minskar kroppens förmåga att skapa ett immunsvar mot infektion och den andra hjälper till att starta den genetiska replikeringsprocessen. Arbetet leddes av Indiana Universitys Cheng Kao och Pingwei Li vid Texas A&M University (TAMU).

I en studie publicerad 27 mars i Naturkommunikation , teamet beskrev strukturen och funktionen av dessa två enzymaktiva platser. De visade också jämförelser mellan detta protein och de från andra relaterade virus som orsakar denguefeber, West Nile virus, japanskt encefalitvirus, och hepatit C. Dessa jämförelser kommer att hjälpa forskare när de söker efter möjliga föreningar för att stoppa virusets förmåga att fortplanta sig.

Arbetar med forskare från TAMU, Sankaran, en forskare vid Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging Division vid Berkeley Lab, använde röntgenkristallografi för att lösa den atomära strukturen av NS5 i Berkeley Center for Structural Biology vid Advanced Light Source (ALS). "ALS var avgörande för framgången för detta projekt, ", sa Li. "Den kraftfulla strålen och den känsliga detektorn på strållinje 5.0.2 gjorde det möjligt för oss att få data om våra kristaller av dålig kvalitet."

Sankaran är ansvarig för programmet Collaborative Crystallography (CC) vid ALS. Finansierat av NIH, detta program är en snabb, pålitlig och transparent post-in kristallografisk tjänst för den strukturella biologin. Sedan myggorna som bär vektorn har spridit sig till södra USA, intresset för att studera viruset har ökat och TAMU:s Li indikerade att flera grupper för närvarande arbetar med liknande strukturella beslut. "Att ha tillgång till toppmoderna faciliteter som tillhandahålls av vårt Collaborative Crystallography-program resulterade i en snabb vändning av detta projekt, " enligt Sankaran.

Medan forskarna har samlat mycket information om hur man riktar in sig på detta protein, det finns fortfarande pussel kvar. "En av de viktigaste olösta frågorna om Zika NS5 är hur det katalyserar syntesen av RNA, " sa Li. "Vi ser fram emot ytterligare studier och framtida samarbeten, vilket kommer att vara ovärderligt för terapeutiska upptäckter."