HITS -forskare utvecklade tauRAMD, ett verktyg för att förutsäga uppehållstider för läkemedel från korta simuleringar. Metoden illustreras på försättsbladet i juli 2018 -numret av Journal of Chemical Theory and Computation, programvara är fritt tillgänglig.

Utformningen av ett läkemedel med önskad verkningstid, vare sig det är långt eller kort, är vanligtvis en komplicerad och dyr trial-and-error-process som endast styrs av en blandning av expertintuition och serendipitet. En av parametrarna som påverkar läkemedlets effektivitet är livslängden för det komplex som bildas mellan ett läkemedel och dess målprotein, vars funktion måste ändras, t.ex. hämmas. I praktiken, många möjliga kemiska föreningar måste syntetiseras och sedan testas för att upptäcka en lämplig läkemedelskandidat.

Enkel metod och hög prestanda

Som en del av projektet Kinetics for Drug Discovery (K4DD) som stöds av det gemensamma företaget EU/EFPIA Innovative Medicines Initiative, forskare vid Molecular and Cellular Modeling (MCM) -gruppen vid Heidelberg Institute for Theoretical Studies (HITS) utvecklade en beräkningsmässigt effektiv och lättanvänd metod för att förutsäga den relativa livstiden för komplex av ett målprotein med olika läkemedelskandidater. Forskarna demonstrerade den höga prediktiva prestandan för beräkningsmetoden med hjälp av experimentella data mätt av medarbetare vid Merck KGaA (Darmstadt), Sanofi-Aventis Deutschland (Frankfurt am Main), och Sanofi R&D (Vitry-sur-Seine, Frankrike).

Metoden, kallas tauRAMD (uppehållstid, tau, uppskattning med hjälp av Random Acceleration Molecular Dynamics -simuleringar) har utvecklats för enkel användning och gör det möjligt att beräkna långa uppehållstider med korta simuleringar. Det har framgångsrikt tillämpats på olika uppsättningar av föreningar som binder ett antal terapeutiskt viktiga målproteiner. Programvaran är fritt tillgänglig på www.h-its.org/downloads/ramd/.