PR-DUB-enzymet kan specifikt ta bort märket H2AK119 ubiquitin genom att använda en unik mekanism. Denna mekanism involverar användningen av en zinkfingerdomän, som är en proteindomän som kan binda till specifika DNA-sekvenser. PR-DUB-enzymet använder sin zinkfingerdomän för att binda till DNA-sekvensen som omger H2AK119 ubiquitin-märket. Denna bindning gör det möjligt för PR-DUB-enzymet att klyva ubiquitinmärket från histonen, vilket tar bort märket och återställer PRC1-komplexets normala funktion.
Det specifika avlägsnandet av H2AK119 ubiquitin-märket av PR-DUB är avgörande för att PRC1-komplexet ska fungera korrekt. Detta komplex är involverat i gentystnad, och avlägsnandet av H2AK119 ubiquitin-märket tillåter PRC1-komplexet att binda till och tysta målgener. Detta är väsentligt för korrekt reglering av genuttryck och den övergripande funktionen av celler.