Vätebindning är inte en typ av jonbindning. Snarare är det en dipol-dipol-interaktion mellan en väteatom som är kovalent bunden till en elektronegativ atom (som N, O eller F) och en annan elektronegativ atom. Den elektronegativa atomen attraherar elektronerna i den kovalenta bindningen, vilket skapar en partiell positiv laddning på väteatomen. Denna partiella positiva laddning interagerar sedan med den partiella negativa laddningen på den andra elektronegativa atomen och bildar en vätebindning.

I motsats till jonbindningar, som bildas genom överföring av elektroner från en atom till en annan, bildas vätebindningar av den elektrostatiska attraktionen mellan partiella laddningar. Vätebindningar är svagare än jonbindningar, men de spelar fortfarande en viktig roll i strukturen och funktionen hos molekyler och material. Till exempel är vätebindningar ansvariga för den höga kokpunkten för vatten, strukturen hos proteiner och basparningen av DNA.