Alla atomer måste ha protoner för att kunna kallas atomer. Protoner är en av de tre subatomära partiklarna som utgör en atom, de andra två är neutroner och elektroner. Protoner är positivt laddade, medan neutroner inte har någon laddning och elektroner är negativt laddade. Antalet protoner i en atom bestämmer dess atomnummer, vilket identifierar grundämnet. Till exempel är alla atomer med en proton väteatomer, alla atomer med två protoner är heliumatomer och så vidare.