Den empiriska formeln ger det enklaste heltalsförhållandet av element som finns i en förening, men den skiljer inte mellan olika föreningar som har samma förhållande. I detta fall har både propan (C3H8) och buten (C4H8) samma empiriska formel, CH2.

Därför kan den empiriska formeln ensam inte användas för att se skillnaden mellan propan och buten. Ytterligare information, såsom molekylvikt eller strukturell information, skulle vara nödvändig för att skilja mellan dessa två föreningar.