Den typ av bindning som håller baserna ihopparade i en DNA-dubbelhelix kallas en vätebindning. Vätebindningar är svaga kemiska bindningar som bildas mellan en elektronegativ atom och en väteatom som är bunden till en elektronegativ atom. I DNA bildas vätebindningarna mellan kväveatomerna i purinerna (adenin och guanin) och syreatomerna i pyrimidinerna (tymin och cytosin). Vätebindningarna mellan basparen är det som håller ihop de två DNA-strängarna i dubbelhelixen.