Molekylära modeller används för att representera molekylers tredimensionella struktur och för att visa arrangemanget av atomer inom dem. Utrymmesfyllande modeller visar atomernas relativa storlekar, och boll-och-stick-modeller visar bindningarna mellan atomerna. Modeller kan hjälpa till att visualisera den elektroniska strukturen hos molekyler och att förstå sambandet mellan en molekyls struktur och dess egenskaper. De kan också användas för att förutsäga molekylers reaktivitet och för att designa nya föreningar med specifika egenskaper.

Förutom att visa arrangemanget av atomer, kan molekylära modeller också användas för att visa följande egenskaper hos en förening och kemisk struktur:

- Bondlängder

- Bindningsvinklar

- Dihedriska vinklar

- Symmetri

- Molekylära orbitaler

- Elektrondensitet

Molekylära modeller är ett viktigt verktyg i studiet av kemi och kan bidra till att ge en bättre förståelse av föreningars struktur och egenskaper.