I flytande kristaller är molekyler ordnade på ett delvis ordnat sätt, uppvisar långvägsorienterande ordning men saknar positionsordning. Detta innebär att medan molekylerna tenderar att riktas in sig längs en gemensam axel, är deras positioner inte fixerade i ett vanligt gitter som i fasta ämnen.
Det ordnade arrangemanget av molekyler i flytande kristaller ger upphov till deras karakteristiska egenskaper, såsom dubbelbrytning (delning av ljus i två strålar med olika hastigheter) och förmågan att ändra deras optiska egenskaper som svar på yttre stimuli som elektriska fält eller temperaturförändringar.
Beroende på den specifika molekylära strukturen och förhållandena kan flytande kristaller uppvisa olika mesofaser, inklusive nematiska, smektiska och kolesteriska faser. Varje fas kännetecknas av sitt eget unika molekylära arrangemang och optiska egenskaper.
Sammantaget uppvisar flytande kristaller en unik form av partiell eller lång räckvidd orienteringsordning, men de saknar den fullständiga tredimensionella ordningen som observeras i solida kristaller.