Eter är ett mycket brandfarligt och flyktigt lösningsmedel och att använda sugfiltrering med eter kan skapa en farlig situation på grund av risken för antändning. Suget som appliceras under filtreringen kan skapa statisk elektricitet, vilket kan antända eterångorna. Dessutom kan eterångor bilda explosiva peroxider vid exponering för luft och ljus.
Istället för sugfiltrering bör andra metoder som gravitationsfiltrering eller filtrering med en Büchner-tratt med filterpapper övervägas för lösningar som innehåller eter. Dessa metoder involverar inte användning av sug och är därför säkrare för brandfarliga lösningsmedel som eter.
