Här är varför:
* Alkaline Solutions Denature DNA: Höga pH-lösningar (alkaliska) bryter vätebindningarna som håller de två DNA-strängarna tillsammans, vilket leder till enkelsträngat DNA. Även om detta kan verka användbart för hybridisering, skulle det också denaturera proberna som används i processen, vilket gör dem ineffektiva.
* hybridisering förlitar sig på enkelsträngat DNA: Hybridisering sker mellan komplementära enkelsträngade DNA-molekyler . Denatureringsprocessen måste emellertid kontrolleras noggrant.
Så här fungerar processen vanligtvis:
1. DNA denatureras: DNA upphettas till en hög temperatur (vanligtvis cirka 95 ° C) för att bryta vätebindningarna och separera trådarna.
2. hybridisering: Det denaturerade DNA (mål -DNA) kyls sedan långsamt, vilket möjliggör kompletterande delar av sonder att glödgas (hybridisera) till målsekvenserna.
3. alkalisk behandling (valfritt): * Efter* hybridisering använder vissa protokoll en mild alkalisk lösning för att ta bort obundna sonder.
Därför används inte alkalisk behandling före hybridisering men kan användas i vissa steg efter hybridisering för tvätt och borttagning av obundna sonder.
