* Antal protoner: Den mest grundläggande skillnaden är antalet protoner i atomens kärna. Detta nummer, kallat atomnumret, definierar elementet. Till exempel har alla kolatomer 6 protoner, alla syreatomer har 8 protoner och så vidare.
* Antal neutroner: Medan alla atomer i ett givet element har samma antal protoner, kan de ha olika antal neutroner. Denna skillnad skapar isotoper, som är variationer av ett element med olika atommassor.
* Elektronkonfiguration: Antalet elektroner i en atom är vanligtvis lika med antalet protoner, och de är arrangerade i specifika energinivåer som kallas elektronskal. Arrangemanget av elektroner i dessa skal bestämmer atomens kemiska egenskaper och hur den kommer att interagera med andra atomer.
* atommassa: Atommassan för ett element är den genomsnittliga massan för alla dess isotoper. Det bestäms främst av antalet protoner och neutroner i kärnan.
Sammanfattningsvis skiljer sig atomer av ett element från atomer i andra element eftersom de har ett unikt antal protoner, som definierar deras atomnummer och deras identitet. Denna skillnad i protoner leder också till skillnader i deras elektronkonfigurationer, atommassor och kemiska egenskaper.