Här är varför:

* sura färgämnen är negativt laddade molekyler. Detta beror på att de innehåller sura grupper (som karboxylgrupper, -COOH) som frisätter vätejoner (H+) i lösning, vilket lämnar färgmolekylen negativt laddad.

* bakterieceller har en något negativt laddad cellyta på grund av närvaron av negativt laddade molekyler som fosfolipider och proteiner i deras cellmembran.

* motsatta avgifter lockar. På grund av detta avvisas de negativt laddade sura färgämnena av den negativt laddade bakteriecellytan.

Därför används sura färgämnen vanligtvis inte för att färga bakterieceller. De används oftare för färgning bakgrunder i mikroskopi, skapa en kontrasterande färg som gör bakterierna lättare att se.

Däremot har basiska färgämnen (som metylenblått och kristallviolett) en positiv laddning och lockas lätt till den negativt laddade bakteriecellytan, vilket gör att de kan färga cellerna effektivt.