Havsbotten representerar den största sänkan av aktivt kol på jorden. Havscirkulationen och havsbottens komplexa form och topografi resulterar dock i betydande rumsliga och tidsmässiga variationer i kollagringen i marina sediment. Här tar vi upp denna komplexitet genom att presentera den första globala syntesen av hur havsbottens djup, form och ålder styr mängden kol som potentiellt kan lagras i marina sediment. Våra resultat avslöjar en första ordningens kontroll av havsbottenavlastningen, där de kontinentala marginalerna och djuphavet står för ~59% respektive ~40% av den globala kollagringen i havsbotten. Dessa miljöer visar kontrasterande kontroller, med de kontinentala marginalerna påverkade av havsbottenformen (dvs lutningen) och djuphavet av havsbottnens ojämnhet och vattendjup. Våra fynd ger viktiga begränsningar för att förutsäga hur havets kolsänka kan utvecklas som svar på den förväntade expansionen av syreminimumszoner och havets försurning under globala förändringsscenarier.