Honduras är den näst största nationen i Centralamerika, sträcker sig över isthmusen från Karibien till Stillahavsområdet. Trots aggressiv avskogning upprätthåller Honduras fortfarande mer skogsområde än de flesta andra länder i regionen. Flera skogsformer dominerar landskapet, inklusive molnskog, tallskog, regnskog och mangrover. Växt- och djurarter finns i de olika skogsekosystemen i Honduras, inklusive arter som har försvunnit från resten av regionen.
Däggdjur
Mer än 200 däggdjursarter finns i skogarna Honduras. Bats (Chiroptera) står för nästan hälften av däggdjur i landet med 98 kända arter som upptar varje skogsekosystem. Den ikoniska jaguaren (Panthera onca) är en av de sällsynta arterna i hela Centralamerika. Mest sedda i mangroveområden är jaguarer en hotad art i Honduras. Västindiska manater (Trichechus manatus), som en gång är vanliga längs Honduras karibiska kust, ses nu sällan utom i avlägsna mangroveområden. Honduras nationaldjur, den vita tailed hjorten (Odocoileus virginianus), är den största hjortarterna i landet. Mest sedd i låglandet och tallskogarna är den vildtjorda hjorten en skyddad art. En stor mängd apor finns också i Honduras, inklusive den vita huvudet Capuchin (Cebus Capucinus), Mexikansk Spindelapa (Ateles Geoffroyi Vellerosus) och Golden-Mantled Howler Monkey (Alouatta palliata palliata).
Fåglar < Honduras har en exceptionellt rik mångfald av fågelarter. Det finns 18 papegojaarter, inklusive den orange-chinned parketten (Brotogeris jugularis), storgrön macaw (Ara ambigua), Stilla Parakeet (Aratinga Strenua) och Scarlet Macaw (Ara Macao), som är Honduras nationalfågel. Finns i tropiska skogar i hög höjd, är den svarta höjden (Notiochelidon pileata) en flyttande fågel som är vanlig i Honduras. Den kastanjmuskulära toucanen (Ramphastos swainsonii) är en vanlig syn i Honduras kustnära låglandsskogar. Kända för sitt färgade ansikte och överdriven faktura, hålls de ibland som husdjur trots att de är skyddade arter.
Träd
Varje skogsekosystem har en nyckelsten, vilket innebär att en art definierar skogen typ. I Honduras indikerar svart mangrove (Avicennia germinans) och röda mangrove (Rhizopora mangle) trädgränserna för mangroveekosystemet. Mahogany (Swietenia macrophylla) träd blandas ibland med mangrovearter på torrt land, vilket indikerar början på skogsmarkens låglandsskog. Honduras furu (Pinus caribaea var. Hondurensis) och ocote furu (Pinus oocarpa) är de enda två arterna av tall i landet, även om de dominerar stora områden av låglandsskogen. En av de mest imponerande träd i Honduras är ceiba (Ceiba pentandra). Ibland kallas kapok, det är ett massivt träd som kan nå 250 meter i höjd med en 10-fots diameter stam.
Blommande växter
Forskare uppskattar att det finns över 5000 växter i Honduras. Blommande växter finns i överflöd i de flesta områden av landet, där de ger mat till insekter och fågelarter. En av de mest produktiva växtarterna i Honduras är salvia (Salvia). Persika salvia (Salvia dorisiana), Karwinski sage (S. karwinskii) och blå vinbärs salvia (Salvia cacaliifolia) är alla buskiga, fleråriga arter som blomstrar i de kalla, montane skogarna i centrala Honduras. En gång en livsmedelskälla för ursprungsbefolkningen är gul lotus (Nelumbo lutea) en av de få blommande växterna som finns i mangroveskogen. Känd för sina gula koppformade blommor, odlas den ofta i vattenträdgårdar som prydnadsväxter.