Myndigheterna uppmanade invånarna att hålla sig i beredskap eftersom tyfonen fortfarande kan utlösa jordskred och översvämningar
Tyfonen Shanshan klippte Japans östra kust på torsdagsmorgonen, skonar Tokyo men ger kraftigt regn, starka vindar och höga vågor till vissa områden längs Stillahavskusten.
Det hårda stormsystemet förväntades börja röra sig bort från land efter att ha borstat Japans huvudö, uppger landets meteorologiska byrå.
Men myndigheterna uppmanade invånarna att hålla sig på beredskap eftersom den långsamma tyfonen fortfarande kan utlösa jordskred och översvämningar.
Shanshan var cirka 150 kilometer (90 miles) nordost om Tokyo utanför Mito Citys kust vid 0100 GMT enligt meteorologiska byrån.
Fyra personer har skadats av stormen, men det har inte kommit några rapporter om större skador, sa katastrofhanteringsmyndigheten.
Fler än 2, 000 människor evakuerade sina hem i början av torsdagen, med Shanshan som fortfarande packar vindbyar på upp till 180 kilometer i timmen (112 mph).
Dess inflygning mot det större Tokyo-området på onsdagen väckte farhågor om att den hektiska morgonpendlingen i huvudstaden skulle kunna störas på torsdagen.
Men det värsta av stormens väder hade lagt sig i Tokyo på morgonen, lämnar efter sig moln utan större regn och blåst.
Tyfonen är den senaste väderfronten som drabbat Japan, som har svettats genom en dödlig rekordvärmevåg som krävde 124 liv förra månaden.
Kraftiga regn ödelade också centrala och västra delar av landet i juli, orsakade översvämningar och jordskred som dödade mer än 200 människor.
© 2018 AFP