Thomsons modell, känd som plum pudding -modellen föreslog att atomen var en sfär med positiv laddning med negativt laddade elektroner inbäddade i den som plommon i en pudding.

Geiger och Marsdens experiment, som involverade skjutning av alfapartiklar vid en tunn guldfolie, visade att ett betydande antal av partiklarna avleddes i stora vinklar, vissa studsade till och med tillbaka mot källan. Detta resultat motsatte sig Thomsons modell, som förutspådde att alfapartiklarna skulle passera genom folien med minimal avböjning.

Experimentet ledde till utvecklingen av kärnmodellen för atomen av Ernest Rutherford, som föreslog att atomen har en liten, tät, positivt laddad kärna i centrum, omgiven av negativt laddade elektroner.