*Forskargruppen identifierar nya fenomen som leder till förbättrad förståelse av metoden*
DNA-sekvensering är en central del av modern biologi och används i många sammanhang såsom medicinsk diagnostik, rättsmedicin och evolutionsbiologi. Många nya tekniker har nyligen dykt upp för sekvensering av DNA, vilket erbjuder många fördelar jämfört med den tidigare dominerande Sanger-sekvenseringen. Dessa nya tekniker använder metoder som är snabbare och billigare, som ofta tillåter sekvensering av DNA-fragment på några timmar. Nanopore-sekvensering använder biologiska eller syntetiska nanoporer för att tvinga enstaka DNA- eller RNA-molekyler genom en proteinpor. Denna process kan sedan användas för att fastställa sekvensen av nukleotider längs en DNA- eller RNA-sträng.
En ny studie av Dr Sebastian Getfert, Dr Jörg Bewarder, båda postdoktorer vid institutionen för fysik, och professor Ulrich Rant, avdelningschef, har identifierat ett nytt fenomen som påverkar nanoporesensing och kommer därför att förbättra förståelsen och tillämpning av denna teknik.
För närvarande bygger nanoporeavkänning i biologiska porer på den kontrollerade bromsningen av translokationen av DNA-molekyler genom att applicera ett elektriskt fält över nanoporen. Forskarna visar genom simuleringar av molekylär dynamik i flera skalor att i närvaro av detta fält kan delar av DNA:t tillfälligt lämna poren och loopa ut i lösningsmedlet, vilket påverkar den uppmätta DNA-signalen och kan leda till svårigheter vid datatolkning.
Getfert och Rant:"Nanopore-avkänning är en mycket lovande teknologi och vårt arbete bidrar till den grundläggande förståelsen av nanoporavkänningsprocessen, vilket i slutändan gör det möjligt för forskare att vidareutveckla och optimera metoden."
Studien av fysikavdelningen publicerades nyligen i den välrenommerade vetenskapliga tidskriften Nature Communications.
