• Home
  • Kemi
  • Astronomien
  • Energi
  • Naturen
  • Biologi
  • Fysik
  • Elektronik
  •  science >> Vetenskap >  >> Biologi
    Så här tolkar du Agarose Gel

    När du har kört DNA-prover på en agarosgel och tagit en bild kan du spara bilden för senare, då kan du analysera resultaten och tolka dem. De typer av saker du letar efter beror på vilken typ av experiment du har. Om du gör DNA-fingeravtryck, vill du till exempel jämföra storleken på bitar av DNA från två prover - från misstänkt och från en brottsplatsprov kanske. Om du arbetar med plasmider från bakterier, kan du behöva se till att plasmiden innehåller insatsen. Följaktligen beror hur du tolkar din gel på det experiment du gjorde. Ändå finns det några allmänna regler som du kan ansöka.

    Börja från toppen av bilden, mäta avståndet till varje band i "standard" -fältet på din gel (även stegen). Standardfältet innehåller DNA-bitar vars storlek redan är känd, så du borde redan känna till storleken på varje innan du börjar ditt experiment. Mäta också det avstånd som räckte av banden i var och en av provbanorna.

    Dela avståndet mellan varje standard och varje band i proverna som reste av avståndet till gelens botten. Resultatet kallas den relativa rörligheten. Du kan använda kalkylprogrammet för att göra det aritmetiska för dig om det gör det här steget snabbare.

    Ange den relativa rörligheten och storleken på varje standard i ditt kalkylarksprogram, använd sedan kalkylprogrammets kalkylprogram för att skapa en graf av dessa data med relativ rörlighet på x-axeln och storleken på y.

    Anpassa en linje till grafen med olinjär regression. Rådfråga kalkylbladsprogrammets hjälpavsnitt om du behöver veta hur du gör det här. Du borde sluta med en ekvation, kanske en som liknar följande:

    y = (0.3) x ^ -2.5

    Observera att x här kommer att vara den relativa rörligheten, medan y är den storlek. Observera också att din ekvation kan ha helt olika siffror för exponent och koefficient - denna ekvation tillhandahålls bara som ett hypotetiskt exempel.

    Ta den relativa rörligheten för banden från ditt prov och sätt den in som x för att beräkna storleken på DNA-bitarna i provbanden.

    Antag att ekvationen som härleddes av ditt kalkylprogram var faktiskt y = (0,3) x ^ -2,5 och den relativa rörligheten för ett visst provband var 0,68 . Genom att ersätta 0,68 i din ekvation hittar du följande:

    y = (0.3) (0.68) ^ - 2.5

    Med din räknare höjer du 0,68 till -2,5 och hittar följande:

    y = (0.3) (2.62)

    y = 0.786

    vilken skulle då vara den uppskattade storleken i kilobaser av DNA i ett av banden från ditt prov.

    Plasmider

    Observera att du kanske behöver använda instruktionerna i det här avsnittet. Agarosgelelektrofores används ofta för att bekräfta att en plasmid innehåller en given insats. Om du inte arbetar med plasmider kan du hoppa över det här avsnittet. Om du är, kan du dock följa dessa instruktioner.

    Observera att om du arbetar med uncut eller nicked plasmider, kan du inte uppskatta storleken med proceduren från avsnitt 1 ovan. Det beror på att okända och nicked plasmider migrerar i olika takt från linjärt DNA.

    Jämför antalet band i varje fil. Minns att ett restriktionsenzym skär DNA på platser där en given sekvens kallad restriktionsstället inträffar. Om ett prov behandlades med två restriktionsenzymer, skulle ett band för insatsen och ett band för resten av plasmiden båda vara närvarande. Det beror på att insatsen kommer att flankeras av två restriktionsställen, var och en för ett annat enzym, så nedskärningar på båda dessa platser kommer att frigöra insatsen från plasmiden. En skärning på endast en plats kommer däremot att konvertera plasmiden till linjärt DNA. Ett provskärning utan några restriktionsenzymer eller ett restriktionsenzym bör då innehålla ett enda band, medan ett provskär med två restriktionsenzymer borde innehålla två band.

    Se upp efter band skapade av nicked plasmid DNA. En nickedplasmid har en snitt i en enda sträng endast, så den migrerar långsammare än en skuren plasmid. Klipp plasmiderna i sin tur migrera långsammare än oklippt DNA.

    Beräkna insatsens storlek med hjälp av proceduren som beskrivs i avsnitt 1 och avgöra om den överensstämmer med dina förväntningar (som varierar beroende på experimentet.)

    © Vetenskap http://sv.scienceaq.com