Den söta, stärkelsehaltig apelsin sötpotatis är välsmakande och näringsrika ingredienser för pommes frites, grytor och pajer. Även om människor har odlat sötpotatis i tusentals år, forskare vet fortfarande inte mycket om proteinsammansättningen i dessa knölar. I ACS' Journal of Proteome Research , forskare har analyserat proteomet hos sötpotatisblad och rötter, och i processen, har avslöjat nya insikter om växtens arvsmassa.

sötpotatisen ( Ipomoea batatas , Lam.) är en basföda i vissa delar av världen, förutom att användas för djurfoder och industriprodukter, såsom biobränslen. Växten har ett förvånansvärt komplext genom, kodar för fler förutsagda gener än det mänskliga genomet. Sötpotatis har också en komplex kemisk sammansättning, med låg proteinhalt i rötterna (den del som människor äter) och många sekundära metaboliter i bladen, vilket gör det svårt att extrahera tillräckliga mängder proteiner för analys. Sorina och George Popescu och kollegor ville se om en "proteogenomics"-metod – analysera både protein och genetiska data tillsammans – kunde hjälpa dem att få en bättre förståelse av sammansättningen av sötpotatisrötter och blad.

Teamet extraherade proteiner från rot- och bladprover med två olika metoder och skar dem till peptider, som de analyserade med vätskekromatografi och masspektrometri. Forskarna identifierade 3, 143 unika proteiner från sötpotatisblad och 2, 928 från rötterna. När de jämförde proteomdata med sötpotatisens genom, de identifierade några regioner i den publicerade genomsekvensen där deras data kunde ge förbättrad information. Till exempel, analysen förutspådde 741 nya proteinkodande regioner som tidigare inte ansågs vara gener. Gruppen säger att resultaten kan användas för att ytterligare karakterisera och biofortifiera knölen.