För denna visualiseringsteknik blandas etidiumbromid med agarospulver, EDTA-buffert och vatten för att bilda gelmatrisen före elektrofores. Som ett resultat dispergeras etidiumbromidmolekylerna jämnt i hela matrisen. När gelens brunnar har fyllts med sina respektive DNA-prover och spårfärger används spänning för att långsamt rita de stora polära föreningarna över matrisen.
Under denna rörelse bindar DNA-molekylernas baser temporärt till etidiumbromidpartiklarna, dra dem ihop. När elektrofores är färdig har varje DNA-molekyl plockats upp vid betydande mängd etidiumbromid.
I närvaro av ultraviolett ljus uppvisar etidiumbromid fluorescens. Tekniker lyser ett specialkalibrerat UV-ljus över gelén medan en maskin fångar bilden av glödande fragment.
Methylenblå
Om en UV-transilluminator inte är tillgänglig eller praktisk kan tekniker göra DNA Synligt under normala förhållanden genom att blötlägga den färdiga agarosgelen, med elektroforeserat DNA inuti, i en lösning av metylenblått över natten.
Ett kloridsalt med en väsentligen hydrofob anjon, metylenblå molekyler tränger igenom hela gelmatrisen. Vätskebindningen genom DNA förorsakar emellertid att fläckmolekylerna ackumuleras. Denna ökade fläck densitet runt DNA ger en djupare nyans av blått, synlig för det blotta ögat.
Spårämnen
Utöver den relativa storleken på DNA-banden kan tekniker mäta den absoluta storleken ( i baspar) i varje fragment med kemikalier som kallas spårämnen. Synlig utan tillsats av metylenblått eller etidiumbromid rör sig spårfärger såsom bromfenolblått och xylencyanol över aragosgelgelmatriserna under elektrofores med samma hastighet som DNA-fragment bestående av 300 nukleotider respektive 4 000 nukleotider. Vid elektrofores rör mer massiva DNA-fragment över gelmatrisen vid en långsammare hastighet än mindre fragment. Därför tillåter tekniker att "se" det approximativa antalet nukleotider DNA-fragmentet innehåller, medan spårfärger inte direkt påverkar synligheten hos DNA-fragment, jämförelse av positionen av ett DNA-fragment i gelén till positionen av dessa färgämnen.
