Har du någonsin undrat hur forskare studerar små fragment som ditt DNA? En metod är gelelektrofores. Medan elektrofores vanligtvis producerar klara, lättlästa band som är perfekta för vetenskaplig tolkning, smutsiga resultat ibland döljer data.

TL; DR (för länge, läste inte)

Gelelektrofores tillåter forskare att visualisera digererade prover och mäta fragmentens storlekar. Smörjning resulterar från felaktigt beredda agarosgeler, laddar ett ospädd prov i brunnarna eller använder prov av dålig kvalitet.

Vad är elektrofores?

Gelelektrofores är ett sätt för forskare att visualisera smälta prover av små molekyler såsom DNA och uppskattar storleken av dessa fragment. För att utföra elektrofores bereder forskare en gel genom att suspendera agaros i kokande vatten. Den resulterande polymerisationen producerar korsade sockerpolymerer så att gelén ser lite ut som en spindelväv på kemisk nivå.

Forskare använder ett skärinstrument för att bilda brunnar i gelén så att de kan ladda mycket små mängder av smältprover in i brunnarna. Om du slår på maskinen får el att springa genom gelén, och fragmenten i proverna börjar röra sig från brunnarna till den andra sidan av gelén. Eftersom gelén är weblik, reser mindre fragment snabbt genom matrisen, medan större fragment tar längre tid att klättra genom matrisen. När den är färdig innehåller gelén mörka band som representerar hur långt olika fragment har rest. Vetenskapsmän mäter dessa band och använder en logaritmisk beräkning för att bestämma storleken på varje fragment baserat på hur långt det migrerades.

Forskare hoppas på tydliga band, men ibland sprider banden. Denna smetning är vanligen ett resultat av dåligt förberedda geler, som laddar ospädda prover i brunnarna eller prov av dålig kvalitet.

Otillfredsställande gelberedning

När det gäller smutsiga resultat är en trolig dödlig dålig beredd gel. En tillfredsställande gel polymeriserar jämnt och producerar en likformig matris genom hela gelén i gjutbrickan. Om en del av gelen - vanligtvis den nedre halvan - sätter innan forskaren slutar att hälla hela facket, blir den resulterande gelen ojämn och ger smarta resultat.

För mycket prov

Innan du laddar prov in i brunnarna måste dessa prov vara utspädda nog att springa genom gelén utan att överfälla brunnarna. Om ett laddat prov är för koncentrerat eftersom forskaren glömde att späda ut det eller använt en felaktig utspädningsfaktor, kommer fragmenten att vara för stora för brunnarna och producera utsmältning.

Dålig kvalitetsprov

Smörjning Resultatet är också av dålig provkvalitet. Exempelvis kan ett DNA-prov som är kontaminerat med protein eller innehåller för mycket salt producera smearing. Degraderade eller denaturerade prover ger också dåliga resultat, inklusive smörjband.

Gelelektrofores är ett fantastiskt sätt för forskare att visualisera digererade prover och bestämma fragmentstorlek. Noggrann beredning av både gelén och provet minimerar möjligheten att smöra och ger klara band som är idealiska för vetenskaplig tolkning.