Påståendet om frånvaron av ett viktigt immunsystem hos många bakterier på grund av autoimmunitet är inte korrekt. Autoimmunitet är typiskt förknippat med immunsystemet hos ryggradsdjur och kännetecknas av ett immunsvar riktat mot kroppens egna vävnader eller celler. Bakterier har inte ett adaptivt immunsystem jämförbart med ryggradsdjur och uppvisar inte autoimmunitet på samma sätt. Bakterier har olika försvarsmekanismer för att skydda sig mot yttre hot och infektioner, som inkluderar fysiska barriärer som cellväggen och membranet, restriktionsmodifieringssystem, CRISPR-Cas-system och andra immunliknande mekanismer.