Frånvaron av ett kärnhölje i prokaryoter hindrar inte cellen från att kontrollera genuttrycket genom att modifiera RNA efter transkription. Prokaryoter har flera mekanismer för att kontrollera genuttryck på RNA-nivå, inklusive RNA-redigering, RNA-stabilitetskontroll och translationsreglering. Till exempel är riboswitchar regulatoriska RNA-sekvenser som kan binda till små molekyler och kontrollera genuttryck genom att ändra strukturen på RNA-molekylen och påverka dess translation. Dessutom använder CRISPR-Cas-system RNA-styrda nukleaser för att redigera eller klyva RNA-molekyler, vilket ger en annan mekanism för att kontrollera genuttryck i prokaryoter.