Det första forskare behöver göra för att manipulera DNA är att extrahera det från cellen. Detta kan göras genom att använda en mängd olika metoder, såsom fenol-kloroformextraktion, utsaltning eller genom att använda ett DNA-extraktionskit. När DNA:t har extraherats kan det sedan användas för en mängd olika ändamål, såsom PCR-amplifiering, restriktionsenzymdigestion eller genkloning.