Den del av ett enzym som binder till substratet kallas det aktiva stället. Det aktiva stället är en specifik region av enzymet som är ansvarig för att katalysera den kemiska reaktion som enzymet utför. Det aktiva stället innehåller aminosyrarester som interagerar med substratet och underlättar reaktionen. Dessa aminosyrarester är arrangerade på ett specifikt sätt för att skapa en ficka eller klyfta som är komplementär till substratet. Substratet binder till det aktiva stället genom olika typer av interaktioner såsom vätebindning, jonbindning, van der Waals-krafter och hydrofoba interaktioner. Bindningen av substratet till det aktiva stället inducerar konformationsförändringar i enzymet, vilket bringar enzymets katalytiska grupper i omedelbar närhet av substratet. Detta gör att enzymet kan katalysera den kemiska reaktionen och omvandla substratet till produkter.