2. Krebs cykel (citronsyracykel): Detta sker i mitokondriernas matris, och det involverar en serie av nio kemiska reaktioner. Under Krebs-cykeln bryts pyruvatmolekylerna från glykolysen ytterligare ned till koldioxid och ATP. Denna process resulterar också i generering av NADH, FADH2 och GTP.
3. Oxidativ fosforylering: Detta sker i mitokondriernas inre membran, och det involverar en serie av fyra komplex. Under oxidativ fosforylering används NADH- och FADH2-molekylerna från glykolys och Krebs-cykeln för att generera ATP. Denna process resulterar också i produktion av vatten.