Antikodonsekvensen för tRNA:t måste vara komplementär till kodonsekvensen för mRNA:t. Det betyder att baserna i antikodonet måste kunna bilda vätebindningar med baserna i kodonet. Till exempel skulle antikodonet UAC kunna binda till kodonet AUG, eftersom U i antikodonet skulle bilda vätebindningar med A i kodonet, och C i antikodonet skulle bilda vätebindningar med G i kodonet.

Förutom antikodonsekvensen spelar den övergripande strukturen av tRNA-molekylen också en roll för att avgöra om den kan binda till ett mRNA eller inte. tRNA-molekylen måste kunna vikas till en specifik form som gör att antikodonet kan exponeras och tillgängligt för mRNA. Denna form bestäms av interaktionerna mellan de olika baserna i tRNA-molekylen, såväl som av interaktionerna mellan tRNA-molekylen och andra proteiner.

Slutligen påverkas bindningen av en tRNA-molekyl till ett mRNA också av närvaron av andra molekyler, såsom magnesiumjoner och GTP. Dessa molekyler hjälper till att stabilisera interaktionen mellan tRNA och mRNA, och de hjälper också till att säkerställa att rätt tRNA-molekyl är bunden till mRNA.