Huvudskillnaden mellan tRNA och mRNA är närvaron av ett antikodon i tRNA. Antikodonet är en sekvens av tre nukleotider på tRNA, som är komplementär till ett specifikt kodon, som är en sekvens av tre nukleotider på mRNA. Antikodonet i tRNA är ansvarigt för att känna igen och binda till det komplementära kodonet på mRNA under proteinsyntes. tRNA för den korrekta aminosyran till mRNA-komplexet genom att känna igen de tre nukleotiderna och fästa den matchande aminosyran till rätt position i proteinet.