* 9 + 2 Arrangemang av mikrotubuli: Båda strukturerna har en kärna av mikrotubuli arrangerade i ett specifikt mönster. Det finns nio par mikrotubulor arrangerade i en ring runt ett centralt par. Detta arrangemang kallas strukturen "9 + 2".

* Basal kropp: Både Cilia och Flagella härstammar från en basalkropp, som är en struktur som förankrar dem till cellen. Basalkroppen är också strukturellt lik en centriole.

* Dynein Arms: Dessa molekylmotorer är fästa vid mikrotubulierna och använder ATP för att generera kraften för rörelse.

* plasmamembran: Båda strukturerna täcks av ett plasmamembran, som är en fortsättning på cellens plasmamembran.

Dessa delade funktioner indikerar ett gemensamt evolutionärt ursprung och rörelsemekanism.