Medan många membranösa organeller är sammankopplade (som den endoplasmiska retikulum- och Golgi -apparaten) eller kommunicerar via vesiklar (som Golgi till lysosomerna), finns det två viktiga organeller som sticker ut som oberoende :

1. peroxisomes: Dessa små, sfäriska organeller är involverade i fettsyran nedbrytning och avgiftning. De har sin egen unika uppsättning enzymer och tros bildas genom självreplikation (inte spirande från andra organeller).

2. mitokondrier: Dessa kraftorganiseller som är ansvariga för cellulär andning har sitt eget DNA och tros ha härstammat från forntida bakterier som införlivades i eukaryota celler. De reproducerar oberoende av binär klyvning.

Viktig anmärkning: Det finns fortfarande aktiv forskning om potentialen för viss kommunikationsnivå eller interaktion mellan peroxisomer och andra organeller. Jämfört med det sammankopplade nätverket i endomembransystemet anses de emellertid i allmänhet vara mer isolerade.