Han är känd som far till taxonomi, vetenskapen om klassificering av organismer. Han utvecklade ett system med binomial nomenklatur, som ger varje art ett unikt tvådelat namn (släkt och arter). Han etablerade också ett hierarkiskt system för klassificering och grupperade organismer i alltmer inkluderande kategorier:
* kungariket
* phylum
* klass
* order
* familj
* släktet
* arter
Medan Linnés system fortfarande är grunden för modern klassificering, har det modifierats och utvidgats under åren eftersom forskare har fått mer kunskap om förhållandena mellan organismer. Modern klassificering tar hänsyn till evolutionära relationer och använder DNA och andra molekylära data för att förfina klassificeringen av organismer.
