Prokaryoter saknar en sant nucleus och andra membranbundna organeller . Det är detta som skiljer dem från eukaryoter.

Här är en uppdelning:

* kärnan: Prokaryoter har en enda, cirkulär kromosom belägen i en region som kallas nukleoiden, men den är inte innesluten i ett membran som kärnan i eukaryota celler.

* Organeller: Prokaryoter saknar de komplexa inre membransystemen och organellerna som finns i eukaryota celler, såsom mitokondrier, Golgi -apparat, endoplasmatisk retikulum, etc.

Därför är prokaryoter enklare i strukturen än eukaryoter.